Το Τμήμα Συνοριακών Σταθμών είναι αρμόδιο ιδίως για τη διοίκηση, διαχείριση και εκμετάλλευση των χερσαίων Συνοριακών Σταθμών, καθώς και για τη μέριμνα της άρτιας λειτουργίας τους.